국방부는 2002년까지 전투기 대대, 지원기 대대를 배치한다는 계획에 따라 04~08 국방 중기계획(03년초 발간)에 소요부지 1백75만평, 예산 5천8백33억원을 반영한 바 있다.

그러나 이후 전투기 대대 배치계획은 삭제하고, 지원기 및 소규모 전투기를 운용하는 것으로 기지개념을 변경했다.

하지만 전투기 운용규모에 대한 구체적인 개념이 정립되지 않아 06~10 중기계획(05년 발간)에는 전투기 수용능력 부분에 대한 소요계획은 반영하지 않았다. 당시 지원기(남부탐색구조부대)에 대한 소요계획만 가용예산 범위내에서 추정.반영했다.

이에 따라 기존 중기계획에서 소요부지 60만평, 예산 2천5백43억원으로 축소.반영했다.

2006년에는 전투기 수용개념을 완전히 삭제했다. 제주공군기지를 탐색구조 및 지원 역할에만 한정한 남부탐색구조부대로 개념을 재정립, 이를 07~11 중기계획(06년 발간)에 반영했다.



이에 따라 전년도 중기계획에 반영됐던 지원기에 대한 사업예산 규모가 그대로 옮겨지게 됐다. 이런 연유로 소요부지와 예산 등이 전년과 변동 없이 수록된 것이다.

이렇게 전투기 수용개념을 삭제하게 된 배경은 공군이 최근 확보한 고성능 첨단 항공기의 속도와 항속거리 등을 고려할 때, 육지부에서도 제주남방해역까지 단시간에 작전 투입이 가능하게 됐기 때문이다.

또한 국방개혁에 따라 전체 전투기 대수도 감소, 굳이 제주도에 기지를 확보할 필요성이 없어졌기 때문이다.