제주특별자치도 출범에 따른 재정특례에도 불구하고 국가 재정지원이 운영과정에서 충분히 반영되지 못함으로써 특별자치도 도입 취지를 무색하게 만들고 있다는 지적이다.

제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법에서는 재정확충 및 자치재정권의 강화를 위한 다양한 재정특례를 부여하고 있다.

자주재원과 관련된 항목의 경우 국세의 지방세 이양, 제주도와 관내 시·군에서 징수하던 지방세목 모두를 특별자치도세로 부과 징수하는 방안, 세율조정에 관한 특례 등이 있다. 또 의존재원과 관련해서는 지방교부세에 관한 특례(보통교부세 총액의 100분의 3), 특별자치도에 대한 국가의 재정지원(특별자치도 설치 이전에 지원한 재정수준 이상 지원 보장)이 있고, 지방교육재정교부금에 관한 특례, 자치경찰에 대한 재정지원(자치경찰을 설치·운영하는데 필요한 경비 지원), 관광진흥기금개발기금 등에 관한 특례 등 다양한 특례장치들이 마련돼 있다.

하지만 이같은 재정특례에도 불구하고 충분한 재정이양이 이뤄지지 않고 있다. 기능 및 권한이양에 따른 재정지원이 과거 기준이거나 이양 당시 시점인데다 기능 등의 이양으로 새롭게 발생되는 특별자치도의 자체부담을 고려하지 않고 국고가 지원되고 있다.

특히 기능이양에 따른 추가적인 재정수요가 크게 증가하고 있지만 특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법에서 국가의 책무로 정하고 있는 재정적 우대조치가 시행되지 않고 있다.

더욱이 기능 및 권한이양 사업 중 광역발전특별회계의 제주계정을 통해 재원이 지원되지 않는 사업은 대부분 도비로 충당토록 함으로써 재정이 취약한 제주도로서는 관련 사업은 물론 다른 사업을 추진하는데도 어려움을 겪고 있다.

따라서 이양된 기능과 권한이 특별자치도에 착근하기 위해서는 국세의 지방세 이양, 중앙권한의 이양에 따른 재정지원, 특별지방행정기관 및 자치경찰 관련 경비 지원, 세외 수입액 증대, 탄력세율 적극 활용 등의 대책이 마련돼야 한다는 지적이다.

이와 관련 성결대학교 라휘문 교수는 "중앙권한의 대폭적인 이양에도 불구하고 이에 상응한 재정지원이 미흡하여 제주특별자치도의 재정 추가부담을 초래하고 있다"면서 "특별자치도 도입의 완벽한 실현을 지향하기 위해서는 중앙사무 등의 이양에 따른 재정지원 외에 추가 발생비용에 대한 지원이 이뤄져야 한다"고 말했다.