국립제주박물관이 2001년 개관 이후 수장고 보관 소장품에 대한 전수조사를 실시하지 않았고 유물 등을 기증받으면서 수증심의위원회를 개최하지 않은 것으로 나타났다. 이는 문화체육관광부가 2017년부터 2020년 10월까지 박물관이 수행한 주요 사업과 기관운영 업무 전반에 대한 종합감사를 실시한 결과다.

문체부가 최근 공개한 감사 결과를 보면 국립제주박물관은 기증품 문화유산표준관리시스템 미등록, 기증품 변경 세부내역 미관리 등 기증품 관리가 부실했다. 유물 기증 시 관련 규정에 따른 위원회를 열지 않거나 형식적으로 심의한 점도 지적됐다. 또한 개관 이래 소장품에 대한 전수조사가 없었고 온·습도 등 보존환경 미흡, 전시실 내 진열장 감시센서 미설치 등 소장품 관리가 소홀했던 것으로 드러났다. 정보 중복, 이미지 누락 등 소장품 전산 DB 관리도 미흡했다.

전시·체험 공간 조성사업에서는 전시실 실시설계가 진행되지 않은 상황에서 사업별 과업 내용에 대한 면밀한 검토없이 각각의 계약을 발주했다. 이 때문에 문화체험실과 어린이박물관 등 동일 공간을 각 사업 대상으로 중복 설정하는 일이 벌어졌다.

복합문화관 건립 공사 추진 과정에선 설계 경제성 검토용역을 원설계용역 완료 1개월 전에야 발주하고 실시설계가 완료된 후에 납품받음으로써 검토 결과를 제대로 반영하지 못하게 되어 원설계 대비 비용 절감과 성능향상 효과를 제대로 제고하지 못하게 되었다고 했다. 설계공모를 당선자와 수의계약하면서 결재없이 계약(구매)을 추진한 사례도 적발됐다.